1. Для всей этой затеи нужна маленькая программка Alltray:
sudo apt-get install alltray
2.Заходим в терминал и выбираем Правка-Профили-Создать
И пишем имя профиля(запомните его, оно нам скоро понадобится)
3.После создания нового профиля заходим в его настройки. Во вкладке "Общие" снимаем галочку с "Показывать в новых терминалах строку меню". Во вкладке "Тип фона" Выбираем "Прозрачный фон" и тянем ползунок до упора влево.
Во вкладке "Прокрутка" выбираем "Выключено" в выпадающем меню.
4. Идем в Система-Параметры-Запускаемые приложения
Создаем новый пункт с такими данными
Здесь уточню только пункт "Команда"
alltray --show --sticky --skip-taskbar --no-alltray --notray -x -g +800+0 gnome-terminal --window-with-profile=Desktop
Ну а вместо "Desktop" пишем имя нового профиля.
После этого перезагружаемся и получаем терминал на рабочем столе